依据《计算机软件著作权登记办法》的规定，申请审批流程分为受理、审查、登记三个阶段。

受理阶段

申请文件符合受理要求的，登记机构在规定的期限内予以受理，并向申请人或代理人发出受理通知书；不符合受理要求的，发放补正通知书。根据计算机软件登记办法规定，申请文件存在缺陷的，申请人或代理人应根据补正通知书要求，在 30个工作日内提交补正材料，逾期未补正的，视为撤回申请；符合《计算机软件著作权登记办法》第二十一条有关规定的，登记机构将不予登记并书面通知申请人或代理人。

《计算机软件著作权登记办法》第二十一条规定　有下列情况之一的，不予登记并书面通知申请人：

（一）表格内容填写不完整、不规范，且未在指定期限内补正的；
（二）提交的鉴别材料不是《条例》规定的软件程序和文档的；
（三）申请文件中出现的软件名称、权利人署名不一致，且未提交证明文件的；
（四）申请登记的软件存在权属争议的。

审查阶段

经审查符合《计算机软件保护条例》和《计算机软件著作权登记办法》规定的，予以登记；不符合规定的，发放补正通知书。根据《计算机软件登记办法》规定，申请文件存在缺陷的，申请人或代理人应根据补正通知书要求，在 30个工作日内提交补正材料，逾期未补正的，视为撤回申请；符合《计算机软件著作权登记办法》第二十一条有关规定的，登记机构将不予登记并书面通知申请人或代理人。

登记阶段

申请受理之日起30个工作日后，申请人或代理人可到中国版权保护中心网站，查阅软件著作权登记公告。北京地区的申请人或代理人在查阅到所申请软件的登记公告后，可持受理通知书原件在该软件登记公告发布3个工作日后，到中国版权保护中心版权登记大厅领取证书。申请人或代理人的联系地址是外地的，将按照申请表中所填写的地址邮寄证书。

以上便是软件著作权申请的审批流程，正常来讲从申请到拿到证书需要30-45个工作日，要是着急使用，当然也可以办理加急。